1969年、東京生まれ。
父本田竹広(P)、母チコ本田(Vo)、叔父に渡辺貞夫(As)、渡辺文男(Ds)という音楽家系に育ち、幼少の頃から自然とドラムスティックを手にしていた。
小学6年生の時に独学でドラムを始め、1982年、おりしも人気絶頂だった本田竹曠率いる”ネイティブサン”が「第1回斑尾ジャズフェスティバル」に出演した際、飛び入り参加したのが初舞台となり、その後、ネイティブサンのライブやレコーディングに参加するようになる。
1989年頃から父の勧めでジャズを志す。
独学とはいえ血筋の良さから来る天賦の才能に加え、 アグレッシブでパワフル且つ感性豊かなプレイで、様々なジャンルをこなすようになる。 ネイティブサン以後、本田竹曠ビッグファン、ポールジャクソングループ、北海道バンド、ハイタイドハリスブルースバンド等を経て、辛島文雄、大野俊三、伊藤君子、渡辺香津美、増尾好秋、渡辺貞夫等のバンドに参加。
中でも1996年イタリアに於いて、大型日本紹介事業フェスティバルの一貫として、辛島文雄カルテットで4都ツアーを行い、初の海外公演に参加する。 そして、マルウォルドロン、ジュニアマンス、秋吉敏子と共演するなど、数多くのセッションやレコーディングに参加し、着々と自己の音を確立させていく。
1997年、子供の頃から愛聴してきたロックやファンクミュージックにジャズを融合させたグループ、 ”本田珠也PLANETX”を結成。 ライブハウスを中心に活動し、2000年3月、東芝EMIより初リーダーアルバム「PLANETX」をリリース。 この間1999年5月、大野俊三(Tp)の誘いで香港へ招致され、ユージンパオ(G)等と初共演する。
これを機に2000年12月、香港高山劇場
、2001年5月、シンガポールインターナショナルフェスティバル、同年9月香港シティーホール公演等に出演する他、香港、日本、オーストラリア、デンマークから4人が集められ、「HONGKONG MEETING」と題したレコーディングにも参加するなど、国内に留まらず多くのミュージシャンから絶大な支持を得ている。
2001年3月、大口純一郎トリオ、菊地雅章トリオ、ケイ赤城トリオと立て続けに3人のピアノリーダーのアルバムレコーディングに参加し、3人3様の強い個性のピアニストから称賛され、以後この3人とのコラボレートは、固く結ばれている。
2003年12月、タイランドインターナショナルジャズフェスティバルを筆頭に、香港～シンセン～上海のツアーに、 現地のミュージシャンと共に参加。
2007年9月16日には、リーダーとしては待望の2作目となる「Elvin Jones Tribute Band」をリリース。 いかなるトリビュートアルバムとは違い、本田珠也のロックスピリット全開押しまくりで”その界隈”では、好評を得る。 またその年から菊地成孔Dubsextet(現在はSeptet)に参加し好評を得る傍ら、最近の動向としては、積極的な即興演奏の活動が挙げられる。その主な共演者には、Peter Brotzmann、Thomas Morgan、Todd Nicholson、八木美知依、 大友良英、坂田明等。 現在、音楽学校メーザーハウスでドラム講師も務め、作曲にも力を入れる等、 精力的に活動している。